Para 1860, los ejércitos juaristas triunfaron sobre los conservadores. Elegido presidente en 1861, una de las primeras acciones de Juárez fue suspender el pago de intereses a la deuda extranjera adquirida por los gobiernos conservadores.

La respuesta de los acreedores fue inmediata, Francia, Gran Bretaña y España enviaron ejércitos para cobrar su deuda, España e Inglaterra se retiraron, pero Napoleón III ávido de expandir sus dominios decidió invadir.

Sus tropas fueron sorpresivamente derrotadas por el General Zaragoza en Puebla el 5 de mayo de 1862, pero un año más tarde, lo franceses lograron ocupar la ciudad y avanzar a la capital en junio de 1863.

Juárez y su gabinete huyeron, mientras que un gobierno conservador provisional, ofreció la corona de un nuevo Imperio mexicano, por instancias de Napoleón, a Maximiliano I, archiduque de Austria, que se coronó en 1864.

La presión de Estados Unidos se dejó sentir pues no querían un gobierno europeo cercano a su territorio, asimismo, las pugnas de Francia con Prusia y la incosteabilidad de mantener un ejército en ultramar, obligaron a Napoleón III a retirar su apoyo a Maximiliano.

Las fuerzas de Juárez recobraron el país poco a poco, ya sin la presencia francesa en 1867, y las tropas republicanas, bajo el mando del general Porfirio Díaz, efectuaron una toma heroica de la ciudad de Puebla y ocuparon la ciudad de México.

Maximiliano I, se estableció en Querétaro, donde fue sitiado por Escobedo y fue obligado a rendirse y, después de un consejo de guerra, fue fusilado en junio de 1867.

Juárez se afirmó en el poder y su reelección provocó que numerosos sectores que se oponían a su gobierno iniciaran una serie de revueltas, siendo una de las más importantes la de Porfirio Díaz, uno de los candidatos que había sido derrotado en una dudosa elección en 1871, pero sin lograr el éxito.

Juárez murió en 1872 y fue sucedido por Sebastián Lerdo de Tejada, presidente de la Suprema Corte, quién se reeligió en 1876, Díaz encabezó otra rebelión y tomó la presidencia.